El acercamiento de los franciscanos a los estudios se remonta a Bolonia, en 1223, cuando San Francisco autorizó a San Antonio para que enseñara la Teología a los frailes: «Al hermano Antonio, mi obispo, el hermano Francisco: salud. Me agrada que enseñes la sagrada Teología a los hermanos, a condición de que, por razón de este estudio, no apagues el espíritu de la oración y devoción como se contiene en la Regla».  La presencia real de los franciscanos en la Universidad fue en París; en el año 1217 llegaron a esta ciudad y hacia 1223 iniciaron sus estudios universitarios.

Después, en el año 1224, fundaron casa en Oxford y comenzaron la vida universitaria bajo la dirección de Roberto de Grosseteste, canciller de la Universidad. A mediados del siglo xiii, la Orden de San Francisco contaba con aproximadamente 30 000 hermanos y 32 provincias o circunscripciones. Por ese entonces crearon casas de estudios en diferentes países para que los hermanos se formasen en gramática, lógica, filosofía y teología.

En 1260, San Buenaventura escribe: «Confieso delante de Dios que la razón que me ha hecho amar con amor extremado la vida del bienaventurado Francisco es su parecido con los comienzos y el crecimiento de la Iglesia. La Iglesia comienza primero con simples pescadores y se enriquece luego con doctores muy ilustres y muy sabios».

En París, Alejandro de Hales, maestro regente de la Universidad, ingresa a la Orden Franciscana en 1236, y el studium de los franciscanos, dirigido por Juan de la Rochela, el cual formaba solo a los frailes, se integra a la Facultad de Teología.

Lo más relevante del aporte franciscano a la experiencia universitaria de la época está dado, según los estudiosos del pensamiento franciscano, por tres características:

• La Sagrada Escritura, como palabra inspirada por Dios, que está en la base y por encima de cualquier reflexión humana.
• El saber tiene un sentido práctico. Es medio y no fin. Para San Buenaventura, la ciencia no es causa de sí misma, sino que está intrínsecamente orientada a la experiencia del amor y de la libertad, comprendida como obediencia a Dios, que es el único capaz de salvaguardar la autonomía humana. La vivencia de la ciencia para el franciscanismo no se experimenta y entiende por la curiosidad ni por el saber que termina y se encierra en sí mismo, sino por el estudio, es decir, por la ciencia que culmina en la sabiduría, la que une a Dios y hace el bien.
• Para el saber no existen temas vedados. En el pensamiento franciscano caben todos los temas y se acogen aquellos que emergen permanentemente para darle respuestas a la problemática humana. Esto le da al ejercicio académico una continua actualidad. Desde esta perspectiva, no hay ideas absolutas o sistemas de pensamiento cerrados sobre sí mismos, sino una actitud abierta hacia la búsqueda permanente de la verdad infinita, inagotable, por el ejercicio particular del quehacer académico.

En el siglo xix comienza un nuevo despertar de la presencia pública de la Universidad de confesión católica, sobre todo en regiones con distintas ideologías y culturas, como fue el caso de América Latina. En el siglo xx se restauran los colegios mayores que las órdenes religiosas fundaron en la etapa de la Colonia y que fueron cerrados por los gobiernos liberales después de la Independencia. En este nuevo auge de la Universidad de inspiración católica, los franciscanos de la Provincia de la Santa Fe de Colombia restauraron y transformaron el antiguo Colegio de Estudios Superiores en el Colegio Mayor, que más tarde se convertiría en la Universidad de San Buenaventura.