El sello (logotipo) está basado en el que usaba el Colegio Mayor de San Buenaventura durante el periodo virreinal y la primera época de la República, esto es alrededor de 1700 (durante todo el siglo XVIII y parte del XIX). Luego, en 1974 la seccional Cali, de la que para entonces ya era la Universidad de San Buenaventura, lo recupera como símbolo institucional. Poco después, siendo el rector general de la universidad en Colombia el padre Fray Luis Javier Uribe, el sello fue instaurado como imagen única de la universidad a nivel nacional.
Significado
La conformación del logo, como dijimos antes, está basada en el antiguo sello del Colegio Mayor, el cual fue ubicado dentro de un rectángulo relleno del color naranja utilizado en la bandera que lo enmarca. El sello tiene forma oval, la figura central es la imagen de San Buenaventura, representado de pie con su hábito y cordón franciscano, cubierto por la capa magna; siendo cardenal de la iglesia y obispo de Albano, ostenta en su mano derecha el báculo y en la cabeza la mitra. En la mano izquierda sostiene un libro abierto que puede ser representado como el Evangelio o su obra filosófico-teológica, o la Sabiduría divina. Al lado derecho de la imagen aparece un círculo semiovalado con cinco gotas de sangre que representan las llagas de San Francisco de Asís. Al lado izquierdo de la imagen aparece el capelo, sombrero de alas y de color escarlata símbolo de la dignidad cardenalicia.
La imagen del santo y sus emblemas se ven enmarcadas en una banda cerrada dentro de dos cuerdas retorcidas o sea la cuerda franciscana, y, dentro de la franja, de izquierda a derecha se lee "Sigillvm Vniversitatis Sancti Bonaventvrae - 1708". Lo que traduce, Sello de la Universidad de San Buenaventura - 1708
